Đại học Quốc gia Hà Nội có cơ cấu tổ chức đặc biệt (so với các trường đại học khác ở Việt Nam) gồm 3 cấp quản lý hành chính:

• Đại học Quốc gia Hà Nội là đầu mối được Chính phủ giao các chỉ tiêu, kế hoạch hàng năm; có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình Quốc huy. Giám đốc và các Phó Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.
• Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên; các khoa, trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ; các đơn vị phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.
• Các khoa, phòng nghiên cứu và tương đương thuộc trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên và các đơn vị trực thuộc.

Các trường đại học thành viên

1. Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
2. Trường Đại học Khoa học xã hội và Nhân văn
3. Trường Đại học Ngoại ngữ
4. Trường Đại học Công Nghệ
5. Trường Đại học Kinh tế
6. Trường Đại học Giáo dục
7. Trường Đại học Việt - Nhật

Các khoa trực thuộc

Các khoa trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội là các khoa chuẩn bị cho việc thành lập các trường đại học thành viên, hiện tại có 5 khoa trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội là:

1. Khoa Luật
2. Khoa Y Dược
3. Khoa Quản trị và Kinh doanh
4. Khoa Quốc tế
5. Khoa Các khoa học liên ngành

Các trung tâm đào tạo

1. Trung tâm Giáo dục Thể chất và Thể thao
2. Trung tâm Giáo dục Quốc phòng - An ninh

Các viện nghiên cứu

1. Viện Công nghệ thông tin
2. Viện Quốc tế Pháp ngữ
3. Viện Trần Nhân Tông
4. Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học
5. Viện Tài nguyên và Môi trường
6. Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển
7. Viện Đảm bảo chất lượng giáo dục